אגף המוסיקה במכון לאינטגרציה נותן מענה לחינוך מוסיקלי מדורג ומקיף, מהגיל הרך ועד לכיתה ח', באמצעות השתלמויות, מדריכים למורה, חוברות עבודה לתלמידים, תקליטורים להאזנה בבית ומגוון רחב של אמצעים דידקטיים נוספים לשימוש המורה. התכניות כוללות נושאים מוסיקליים בסיסיים ובכך עשויים לשמש כל תלמיד וכל מורה בארץ, על פי צרכיהם המיוחדים.